Министерство финансов Южной Осетии было учреждено в 1992 году. Первым Министром финансов (1992-1993гг.) становится Санакоев Георгий Дианозович. Располагалось Министерство по адресу ул.Энгельса, дом 21.

В 1993 году на пост Министра приходит Догузов Георгий Читаевич, однако Георгий Санакоев в том же году сменяет его и возглавляет Министерство вплоть до 1996 года.

В 1996 году новым адресом Министерства становится нынешнее здание Правительства (ул. Сталина, 18), где оно располагается по сей день. В том же году новым Министром становится заместитель Председателя Правительства Гаглоева Эвелина Николаевна, проработавшая в этой должности до 1999 года.

Следующим руководителем Министерства на 1999 - 2008 гг. становится Хабалова Аза Константиновна. Именно в эти годы Министерство финансов РЮО тесно сотрудничает с Минфином РФ.

В 2008 году Министром финансов РЮО становится Пухаев Инал Владимирович. В 2009 году на этом посту его сменяет Сытник Ирина Андреевна, которая пребывает в этой должности по настоящее время.